年12月7日的珍珠港突袭战，南云忠一是第1航空舰队司令，还担任机动部队的指挥官呢。
突袭珍珠港的机动部队呢，是以第1航空舰队为核心组建的。这里面有第1、2、5航空战队的赤城号、加贺号、苍龙号、飞龙号、翔鹤号以及瑞鹤号航母，还有第3战队的比睿号、雾岛号战列舰，第8战队的利根号、筑摩号重巡洋舰，第1水雷战队的阿武隈号轻巡洋舰再加上9艘驱逐舰，第7驱逐队的2艘驱逐舰，第2潜水队的3艘潜艇，另外还有7艘补给船。
11月26号的时候，南云忠一带着部队从择捉岛的单冠湾出发了，然后就在海上等着命令呢。到了12月2日，接到命令后就按照计划开始行动，这一趟走了公里，12月7日就到了珍珠港以北公里的地方。早上6点的时候，第一波架飞机起飞了。这里面有49架97舰攻是负责水平轰炸的，40架97舰攻负责鱼雷攻击，还有51架99舰爆，43架零战。7点49分的时候，第一波机群的指挥官渊田美津雄中佐下达了攻击的命令，过了13分钟就报告说奇袭成功了。8点55分，岛崎重和少佐指挥着第二波架飞机起飞了，其中有54架97舰攻负责水平轰炸，78架99舰爆，35架零战。下午1点的时候，机动部队把飞机都收回来就开始返航了，在返航的路上，还派出了第2航空战队的苍龙号、飞龙号航母，还有第8战队的利根号、筑摩号重巡洋舰去支援威克岛作战。
珍珠港被袭的战果是啥呢？战列舰被击沉了4艘，有3艘战列舰被重创，巡洋舰及比巡洋舰小的舰只被重创了12艘，飞机被击毁架，人员死伤人。美国太平洋舰队的战列舰全都受了损，不过有2艘航空母舰当时不在港里，所以没被攻击到。日本军队呢，第一波只损失了9架飞机，第二波损失了20架飞机。
珍珠港突袭战之后，大家主要批评南云忠一不同意搞第三波攻击。为啥他下这个指挥决心呢？主要是那时候美军航母到底在哪、攻击能力咋样都不清楚，珍珠港地面防空火力强弱也不明白。而且第三波攻击的话，自身损失肯定比前两波还大，搞不好还会伤到舰队呢。技术方面也得考虑，6艘航母也就装着大概架飞机，要是组织第三波攻击，得多花6个多小时，飞机回收的时候天都快黑了。还有人说让舰队往南或者往西去搜索敌人然后开战，可这里面有难处啊。要是舰队停在马绍尔群岛，补给船根本追不上舰队；要是回日本呢，跟着的驱逐舰带的燃料不够开到预定加油的地方，到时候就得把驱逐舰扔了（补给船在舰队回来的路上等着加油呢，作战舰艇基本不能互相加油）。
年1到3月在南太平洋作战。
年1月5日的时候，南云忠一带着以第1航空舰队为核心组建的机动部队，从濑户内海出发，经过特鲁克群岛，向外南洋出击。这机动部队里有赤城、翔鹤、瑞鹤、龙骧号这些航母，还有比睿、雾岛号战列舰，7艘巡洋舰、19艘驱逐舰和5艘潜艇呢。舰载机去攻击了新不列颠岛的拉包尔、新爱尔兰岛的卡维恩、新几内亚岛的莱城、萨拉莫阿，完事儿就回特鲁克了。2月15日，南云忠一率领赤城、加贺、苍龙、飞龙号航母，还有第3战队的比睿、雾岛号战列舰，第8战队的利根、筑摩号重巡洋舰（这时候第2航空战队的苍龙、飞龙号航母归队了，第5航空战队的翔鹤、瑞鹤号航母回国了）前往班达海。19日，舰载机去攻击了澳大利亚的达尔文港，然后就停靠在西里伯斯岛的斯塔林湾（就是现在的托里奥港）。为了支援爪哇那边的作战，25日的时候，部队经过帝汶岛北翁拜海峡进入印度洋，舰载机又攻击了爪哇岛南岸的芝拉扎港，到3月9日就返回斯塔林湾了。
年4月的印度洋突袭作战。
年6月有个中途岛海战。
5月27号那天，南云忠一带着以第1航空舰队为主要力量的第1机动部队出发了，这支部队里有赤城、加贺、苍龙、飞龙号航母，名、雾岛号战列舰，利根、筑摩号重巡洋舰，长良号轻巡洋舰，还有16艘驱逐舰呢，他们是从柱岛泊地出发去执行中途岛作战计划的。到了6月4日，他们对中途岛的美军发动攻击，可没想到啊，美军这边有斯普鲁恩斯少将的第16特混编队、弗莱彻少将的第17特混编队（这两个编队加起来有3艘航母、7艘重巡洋舰、1艘轻巡洋舰、17艘驱逐舰呢），再加上中途岛基地的航空兵，他们早就准备好了反击。这一场航母大战打下来，日本输得可惨了，4艘航母、架飞机没了，好几百飞行员和名舰员也没了。美国这边呢，约克城号航母沉了。
年8月24日的第二次所罗门海战（也就是东所罗门群岛海战）。
机动部队是以南云忠一的第3舰队为核心组建的，这里面有翔鹤、瑞鹤、龙骧号航母，比睿、雾岛号战列舰，还有4艘重巡洋舰、1艘轻巡洋舰以及17艘驱逐舰。
8月21号那天，第2和第3舰队从特鲁克那儿往南走，为的是抓住并消灭美军的机动部队，好支援陆军一木支队对瓜岛进行反攻。24日下午，第3舰队在瓜岛东边海里，斯图尔特群岛南边的海面上瞅见了美军弗莱彻的第61特混舰队，这舰队里有2艘航母、1艘战列舰、3艘重巡洋舰、1艘轻巡洋舰和10艘驱逐舰呢。第3舰队马上就发动攻击了，翔鹤号的机队把美军的企业号航母和1艘轻巡洋舰揍得够呛。原本配属给原忠一第8战队（有重巡洋舰利根号、筑摩号）的龙骧号航母，它负责去攻打瓜岛呢，结果被萨拉托加号航母上的舰载机扔的炸弹给击中，就沉了。
年10月26日的南太平洋海战，也叫圣克鲁斯海战。
10月下旬的时候，日本陆军在瓜岛凑了差不多3万兵力呢，这里面有第2师团和第38师团的一部分，第17军的司令部也跑到瓜岛去了，铁了心要把亨德森机场夺回来，再把全岛占了。海军这边呢，派了近藤信竹的第2舰队（有金刚号、榛名号战列舰，4艘重巡洋舰，1艘轻巡洋舰，15艘驱逐舰），还有南云忠一的第3舰队去支援。第3舰队是个机动部队，由翔鹤号、瑞鹤号、瑞风号、鹰号航空母舰，比睿号、雾岛号战列舰，熊野号、铃谷号、利根号、筑摩号重巡洋舰，长良号轻巡洋舰以及6艘驱逐舰组成，它的任务就是找到美军的机动舰队然后把它干掉，不让美军给瓜岛增兵，还要把制空权拿到手。
南云忠一朝着瑙鲁那个方向南下搜索着前进，还另外派角田觉治带着第2航空战队（隼鹰号航母）去支援地面打仗呢。美军这边，金凯德的第16特混舰队带着刚修好的企业号（这企业号8月24日被翔鹤号打得很惨）从珍珠港到了南太平洋战区司令部所在的新喀里多尼亚岛东北，然后和默雷的第17特混舰队（有大黄蜂号航母）会合，一起前往圣克鲁斯群岛那片海域等着，总共管着2艘航母、1艘战列舰、3艘重巡洋舰、3艘轻巡洋舰和14艘驱逐舰。
10月26日凌晨，两军侦察机在相距海里的地方先后瞅见对方。企业号的无畏式侦察轰炸机先下手为强，把瑞凤号的飞行甲板给炸了，瑞凤号没辙，只能退出战斗。接着呢，日军出动了两拨共架飞机，美军则派出三拨共73架战机，双方正式开打。这时候，角田觉治的第2航空战队也接到命令赶到战场了。
日军第一波攻击拿3颗炸弹、2枚鱼雷把大黄蜂号揍得够呛。美军三次攻击打中了旗舰翔鹤号和重巡洋舰筑摩号。翔鹤号的飞行甲板被炸出4个洞，南云忠一就让它退出战斗了，还把瑞鹤号安排到第2航空战队，归角田觉治指挥。角田又发动攻击，瑞鹤号这一攻，把企业号和一艘驱逐舰打伤了，隼鹰号三次派出飞机攻击，把南达科他号战列舰和圣胡安号巡洋舰打伤了。激烈战斗到午后，两边都撤了，受重伤的美军大黄蜂号航母和1艘驱逐舰沉了。总体上日军战绩比美军好，航母瑞鹤号和翔鹤号扛住了美军飞机的猛揍，不过飞机和飞行员损失比较多。
南云忠一让翔鹤号撤出战斗，还把空战指挥权交给角田觉治，这事儿有过争议。其实呢，海军中央说过，翔鹤号、瑞鹤号这两艘重型航母一定得保全。而且南云忠一自己改坐岚号驱逐舰去了，指挥空战也不方便。
年中太平洋的防御还有塞班岛作战
年3月4日呢，中太平洋方面舰队和第14航空舰队在塞班岛编成了，南云忠一一个人兼着这俩舰队的司令。特鲁克的第4舰队还有陆军第31军都归他管。作战部队有在帕劳群岛的第30根据地队，以及塞班岛的第5根据地队，可舰艇编队就只有第3水雷战队的两艘轻巡洋舰了。各个岛屿呢，就由先在驻地任职的指挥官来统一指挥当地的地面部队。
中太平洋那边陆海军的协同关系很特殊，所以大本营特地让陆军参谋田村义富少将和岛村矩康大佐，分别兼任中太平洋方面舰队的参谋副长和参谋。岛村矩康呢，是陆军士官学校36期、陆军大学43期的，他和辻政信做过两次同学，也是那种参政倾向很强烈的陆军参谋。他参加过诺门坎作战和第二次长沙作战。也不知道为啥，他离开了像死亡之地一样的塞班岛，年1月25日在汕头死了。塞班岛作战的时候田村义富正在关岛呢，后来他接任第31军参谋长，最后战死了。
中太平洋这儿啊，那可绝对是个没解的烂摊子，中太平洋方面的舰队肯定长不了。
6月11日呢，由美军两栖部队司令特纳指挥的攻略部队，在米切尔第58特混舰队的支援下，开始了塞班岛作战。打这起，南云忠一就只是塞班岛的守备队长喽。守岛的部队主要是陆军，像第43师团、独立混成第47旅团、独立山炮兵第3联队、高射炮第25联队、战车第9联队，加起来大概有2.85万人。海军部队呢，主要是第5根据地队（这里面包括第55警备队、横须贺一特）、第和航空队，还有中太平洋方面舰队、第6舰队、第3水雷战队的司令部人员，总共是1.52万人。
15号那天，美国海军的第2和第4陆战师，还有陆军的第27步兵师开始登上塞班岛了。19号到20号的时候，小泽治三郎带着他的第1机动舰队（这里面有9艘航母呢），想要去攻打美军的登陆地点，好把塞班岛从被围的状态里解救出来，这就打起了马里亚纳大海战。这一战下来，日本军队可惨了，3艘航母没了，架飞机也没了。塞班岛这块儿呢，在经过20天激烈的地面战斗之后，日本军队被全部消灭了，就只有0人被俘虏了。
7月6号晚上，塞班岛的头头南云忠一，拉着第6舰队司令高木武雄中将、第31军参谋长井桁敬治少将、第43师团长斋藤义次中将、南洋厅北部支厅长辻正保海军大佐一块儿自杀了。到了7日天还没亮的时候，第43师团参谋长铃木卓尔带着剩下的官兵、那些准军事人员，还有平民和伤病员，总共0多人，搞了那个有名的自杀冲锋。9日的时候，美军就说塞班岛被他们占了。中太平洋方面舰队、第14航空舰队、第3水雷战队、第5根据地队、第2海上护卫队、第43师团、独立混成第47旅团这些部队，全都被撤销了。
7月17日的时候，美国海军作战部长金（当时正在珍珠港主持作战会议呢），还有太平洋舰队司令尼米兹，他俩飞到塞班岛去了。到了那儿之后，就和当地的第5舰队司令斯普鲁恩斯、太平洋两栖部队司令特纳，以及第5两栖军长霍兰·史密斯一块视察战场，还专门去瞧了瞧老对头南云忠一的遗体。
